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基于参数优化的染色体三维结构预测算法VMBO

来源 :北京工业大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：sb37sb

【摘 要】

：

认识染色体的三维空间结构对于理解细胞核内基因组的表达、调控等具有重要作用.针对Hi- C数据稀疏 和含有噪声的特点,提出了基于流形优化（manifold based optimization, MBO

【作 者】

：

李建更  张卫  李晓丹 

【机 构】

：

北京工业大学电子信息与控制工程学院,计算智能与智能系统北京市重点实验室

【出 处】

：

北京工业大学学报

【发表日期】

：

2018年2期

【关键词】

：

Hi-C接触频率 基于流形最优化(MBO) 染色体结构的预测 平均结构 变参数的基于流形优化的算法(VMBO) 

【基金项目】

：

国家自然科学基金资助项目(61573029)

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认识染色体的三维空间结构对于理解细胞核内基因组的表达、调控等具有重要作用.针对Hi- C数据稀疏 和含有噪声的特点,提出了基于流形优化（manifold based optimization, MBO）与参数优化相结合的染色体三维结构 预测方法-变参数的基于流形优化的算法（ variable-parameter MBO, VMBO）.通过黄金分割算法迭代优化转换参 数,将染色体片段间的接触频率转换为空间距离值;然后用MBO算法重构染色体的三维平均结构（ consensus structures）.在实

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