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制约区域创新能力的因素很多，其中科技经费的作用不容低估。基于全国三大地带30省市区的面板数据模型，从科技经费投入结构视角，测度区域创新能力的空间差异，实证结果呈现出东高西低的特征，即不同的科技经费来源对东、中、西部区域创新能力所发挥的绩效是不同的；同时发现，不同来源的经费使用效率和科技人员活动效率也存在较为显著的区际差异。因此，要提高区域技术创新效率，必须合理配置科技经费投入结构，优化不同来源经费使用的激励机制，提高经费使用效率，促进区域创新能力的全面提升。