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2011年以来，国家环保部、财政部联合开展国家重点生态功能区县域生态环境质量的监测、评价与考核工作，考核结果为每年国家重点生态功能区转移支付资金调节提供技术支持。目前内蒙古自治区有35个县域纳入国家的考核名单，涉及防风固沙和水源涵养两种生态功能类型。本文就内蒙古自治区国家重点生态功能区县域生态环境质量考核工作的开展情况与存在的问题进行分析与探讨。