急性胰腺炎基因表达谱芯片的生物信息学分析及药物筛选

来源 :临床肝胆病杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户：mt156

【摘要】

：

目的应用生物信息学方法筛选急性胰腺炎(AP)差异表达基因(DEGs)及相应的候选治疗药物。方法从基因表达数据库(GEO)中下载小鼠AP相关的高通量芯片数据集(GSE109227和GSE65146)

【作者】

：

董小鹏王丽娟赵春霖张建平潘海邦易剑锋

【机构】

：

甘肃中医药大学临床医学院,甘肃中医药大学药学院,甘肃省中药药理与毒理重点实验室,甘肃中医药大学附属医院普外科

【出处】

：

临床肝胆病杂志

【发表日期】

：

2020年3期

【关键词】

：

胰腺炎急性坏死性基因芯片基因表达计算生物学

【基金项目】

：

甘肃省高校基本科研业务费项目(2018A-051);甘肃省第八批自然科学基金计划(1508RJZA019);甘肃中医药大学中青年科研基金项目(ZQN2016-4)

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目的应用生物信息学方法筛选急性胰腺炎(AP)差异表达基因(DEGs)及相应的候选治疗药物。方法从基因表达数据库(GEO)中下载小鼠AP相关的高通量芯片数据集(GSE109227和GSE65146),使用GEO2R筛选DEGs。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体功能富集和通路富集分析。在String数据库中建立蛋白-蛋白相互作用关系(PPI)并利用Cytoscape软件进行可视化,筛选出子网络模块和关键基因。预测关键基因相关的miRNAs并通过比较毒物遗传学数据库(CTD)针对关键基因进行治疗药物的

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