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在对序列比对结果进行分析的过程中,提出了基于生物进化思想的序列比对算法.该算法的出发点是在待比对序列中的不同位置插入空位,通过设计合理的遗传算子,在不断的进化过程中,使序列间具有最大的相似性.由于该算法的主要操作是比较、计数和移位,使得硬件实现具有可行性、简易性.测试结果表明了该算法的有效性.