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目的:采用扩增片段长度多态性(AFLP)分子标记方法研究广藿香的种质遗传多样性.方法:采用12对引物对14个品种共212个样本进行AFLP分析;利用POPGENE 32,Arlequinver 3.5,MEGA7,NTSYSpc 2.10e等生物学分析软件进行多态性参数计算、主坐标分析以及聚类分析.结果:12对引物共扩增出2 238个位点,其中多态性位点有2 226个,多态位点百分率为99.38%;在种群间,有效等位基因数(Ne)为1.365 6±0.066 3,Nei's基因多样性指数(H)为0.220 7±0.036 4,Shannon多态性信息指数(I)为0.343 7±0.050 2;在种群内,Ne为 1.118 5±0.038 7,H为0.071 3±0.023 0,I为0.109 4±0.035 0;分子方差学分析(AMOVA)表明广藿香的总变异有71.57%来源于种群间,28.43%来源于种群内;聚类分析可将14个种群分为4大类.结论:AFLP分子标记结果显示,广藿香种间具有比较丰富的遗传多样性,种内遗传多样性相对较小,种间遗传分化显著,可为广藿香后续的优良种质筛选等研究提供参考依据.