【摘 要】
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目的探讨HIV-1辅助受体基因预测工具对我国流行的CRF01_AE毒株辅助受体利用的可行性。方法从北京市、广西壮族自治区、四川省的HIV-1感染者中分离出CRF01_AE毒株22株,利用基因型方法(11/25规则、WebPSSM和geno2pheno)对病毒辅助受体利用情况进行预测,将预测结果与经GHOST细胞系检测的表型实验结果进行比较。结果经GHOST细胞系检测,22株CRF01_AE毒株中,
【机 构】
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中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心,北京 102206,中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心,北京 102206,中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心,北京 102206,中国疾病
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目的探讨HIV-1辅助受体基因预测工具对我国流行的CRF01_AE毒株辅助受体利用的可行性。
方法从北京市、广西壮族自治区、四川省的HIV-1感染者中分离出CRF01_AE毒株22株,利用基因型方法(11/25规则、WebPSSM和geno2pheno)对病毒辅助受体利用情况进行预测,将预测结果与经GHOST细胞系检测的表型实验结果进行比较。
结果经GHOST细胞系检测,22株CRF01_AE毒株中,4株利用CCR5/CXCR4辅助受体,18株利用CCR5辅助受体。11/25规则预测与表型实验的一致率为86.4%;geno2pheno中,G2p-clinical、NGS-sanger和G2p-colon模型预测与表型实验的一致率分别为95.5%、86.4%和68.2%;WebPSSM中,PSSM-sinsi_B、PSSM-x4r5和PSSM-sinsi_C模型预测与表型实验的一致率分别为86.4%、72.7%和45.5%。
结论对于我国CRF01_AE毒株的HIV-1感染者,在使用辅助受体拮抗剂之前应进行辅助受体利用的预测,Geno2pheno是较准确的辅助受体基因预测工具。
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