【摘 要】
：
目的利用Y型引物和荧光定量RT-PCR技术建立一种用于登革病毒(dengusvirus,DENV)快速分型的四重荧光定量RT-PCR检测方法。方法用DENV四种分型体外转录RNA对该方法的灵敏度、特异性进行评价及用临床样本进行验证。结果DENVⅠ型、Ⅱ型、Ⅲ型和Ⅳ型最低检出限分别为5.01反应/PCR、6.16拷贝/反应、6.35拷贝/反应、6.39拷贝/反应，与单重实时荧光定量RT-PCR比，最低检测限无明显变化；且与其他病毒无交叉反应，临床标本的阳性一致率和阴性一致率均为100%。结论本研究建立的Y型
【机 构】
：
深圳国际旅行卫生保健中心，深圳 518045深圳国际旅行卫生保健中心，深圳 518045深圳国际旅行卫生保健中心，深圳 518045
论文部分内容阅读
目的利用Y型引物和荧光定量RT-PCR技术建立一种用于登革病毒(dengus virus, DENV)快速分型的四重荧光定量RT-PCR检测方法。
方法用DENV四种分型体外转录RNA对该方法的灵敏度、特异性进行评价及用临床样本进行验证。
结果DENVⅠ型、Ⅱ型、Ⅲ型和Ⅳ型最低检出限分别为5.01反应/PCR、6.16拷贝/反应、6.35拷贝/反应、6.39拷贝/反应，与单重实时荧光定量RT-PCR比，最低检测限无明显变化；且与其他病毒无交叉反应，临床标本的阳性一致率和阴性一致率均为100%。
结论本研究建立的Y型引物四重荧光定量RT-PCR方法可有效避免不同DENV分型间的交叉反应，同时具有良好的灵敏度和特异性，可用于相关临床标本的DENV快速分型检测。
其他文献
目的分析福建省2014—2019年不同基因型麻疹野病毒流行情况，为制定后续麻疹防控策略，完成消除麻疹目标提供参考。方法收集福建省2014—2019年麻疹发病监测数据及各地市上送的麻疹疑似病例咽拭子样本，采用逆转录-聚合酶链反应扩增麻疹病毒N蛋白羧基端450个核苷酸序列，对扩增产物进行序列鉴定和分析。结果2014—2019年福建省共报告疑似麻疹病例1102例，年发病率为0.47/10万；实验室共接收咽拭子标本884份，获得除疫苗株外麻疹病毒N蛋白羧基端450个核苷酸序列179条，其中110条为H1基因型麻疹
目的分析山东省两地区影响尖锐湿疣(condylomaacuminatum，CA)患者复发的危险因素及人乳头瘤病毒(humanpapillomavirus，HPV)型别分布。方法2019年8月至2020年12月在山东省济南市和济宁市共三家医院对CA患者开展匿名问卷调查并采集样本进行HPV分型检测，采用多因素二元Logistic回归分析影响CA复发的危险因素，HPV分型采用PCR-反向点杂交法进行检测。结果共收集问卷653份，有效问卷占98.77%(645/653)。174例患者出现复发，复发率26.98%。
目的分析北京地区呼吸道感染住院儿童人博卡病毒1型(humanbocavirus1，HBoV1)的流行病学特征，阐明遗传进化特点。方法采用real-timePCR方法对2017—2019年北京友谊医院呼吸道感染住院患儿的2848份鼻咽抽吸物样本进行HBoV1核酸检测，结合临床信息进行流行病学分析；利用巢氏PCR方法扩增HBoV1的NP1和VP1基因，分析序列同源性；构建VP1的最大分支可信度树和种群进化图，进行时间进化分析。结果2848份样本中检出HBoV1阳性样本90份，感染率为3.16%，5岁以下患儿居
目的了解兰州市住院严重急性呼吸道感染(severeacuterespiratoryinfection,SARI)病例常见呼吸道病毒病原谱及流行病学特征，为兰州市SARI病例的防控和治疗提供参考依据。方法收集2011年1月至2020年12月兰州大学第一医院SARI病例的咽拭子、痰液及少量肺泡灌洗液样本2571份，同时收集病例资料和临床信息，将监测人群分为5个年龄组(0岁~、1岁~、5岁~、15岁~、60岁~)，采用多重Real-timePCR法对常见呼吸道病毒进行核酸检测。结果2571份样本中共检出9种病毒
目的研究肠道病毒71型(enterovirus71,EV71)中3D蛋白关键氨基酸突变对病毒增殖的影响，并根据3D三级结构模型推断突变影响病毒增殖能力的可能机制。方法以强毒株SDLY107构建的质粒pMD19T-SDLY107-EGFP为模板，利用定点突变和反向遗传学技术构建病毒突变株，对突变株增殖特性进行测定。同时对3D蛋白三级结构进行预测，根据3D蛋白的结构域功能特性推测突变影响病毒增殖能力的可能机制。结果经过双酶切鉴定和病毒基因测序证实已成功构建两株突变株病毒：EGFP-EV-A71(S37N)和E
目的分析2017至2020年我国诺如病毒流行株GⅡ.4Sydney[P31]基因型的基因组以及变异情况。方法利用通用引物初步建立GⅡ组诺如病毒基因组扩增方法，扩增GⅡ.4Sydney[P31]株基因组，并应用高通量测序技术对其基因组测序，对GⅡ.4Sydney[P31]株进行系统进化分析和关键位点分析。结果利用初步建立的GⅡ组基因组扩增方法，8株GⅡ.4Sydney[P31]株中，6株扩增成功并获得基因组序列。通过系统进化分析表明，本研究获得的自2017—2020年6株毒株和2015—2019年的GⅡ.4
目的了解2020年福州市哨点医院5岁以下腹泻住院儿童粪便样本中A组轮状病毒(groupArotavirus,RVA)的基因组特征。方法通过ELISA对腹泻住院儿童粪便样本进行RVA筛查，采用RT-PCR方法扩增RVA阳性样本的11个基因节段并进行Illumina二代测序，使用MEGA等生物学软件对重要基因片段进行序列分析和抗原位点分析。结果成功获得20株RVA全基因组序列，包括4种G/P基因组合G9P[8](55%)、G3P[8](25%)、G8P[8](15%)以及G2P[4](5%)，全基因组中DS-
目的阐明2011年甘肃省幼儿急疹病例中人疱疹病毒6型(humanherpesvirus-6，HHV-6)感染情况及病毒基因特征。方法应用实时荧光定量PCR(QuantitativeReal-timePCR，q-PCR)方法对2011年甘肃省收集的169份幼儿急疹病例的咽拭子标本进行HHV-6初筛，对HHV-6病毒核酸阳性标本进行U90基因PCR扩增、序列测定以及病毒基因特征分析。结果在169份幼儿急疹病例标本中，有60份标本检测为HHV-6病毒核酸阳性，获得了10条HHV-6BU90基因序列。HHV-6阳
目的评估整合酶抑制剂(integraseinhibitors,INIs)抗病毒治疗效果，分析治疗失败患者的基因型耐药突变情况，为艾滋病临床治疗提供参考。方法采用回顾性研究，选取湖南省2020年使用INIs≥1年的患者为研究对象，对其中病毒抑制失败(病毒载量≥1000拷贝/ml)的患者采用In-house法进行基因型耐药检测。结果408例研究对象中，病毒抑制失败12例(2.9%)。获得有效序列12份，其中8份出现耐药突变。调查人群总耐药突变发生率为2.0%(8/408)。本研究发现1例(0.2%)对INIs
目的优化和评估粪便和组织样本高通量测序前处理方法，提高高通量测序在宏病毒组研究中的灵敏度。方法针对粪便样本，选取经粪便排毒的5种病毒阳性样本混合模拟样本，对不同材质的滤器、核酸酶不同处理时间、不同的提取核酸方法进行评价。针对组织样本，选取动物组织中检出的2种病毒阳性样本，对过滤、核酸酶处理和不同的核酸提取方法进行评价。采用TaqManreal-timePCR定量方法评价每步处理对每一种模式病毒核酸载量的影响，采用SYBRGreenreal-timePCR方法对细菌16SrRNA基因和宿主12SrRNA基因