2004~2013年间对新疆开都河鱼类的种类和分布进行了10次野外调查,根据不同的海拔和生境,设置鱼类采集点22个,共采集鱼类标本1 990号,分属3目7科19种。其中土著鱼类3种,由裂腹鱼类和高原鳅类构成;外来鱼类16种,隶属2目5科16属,鲤科鱼类占绝对优势。与历史资料相比,土著鱼类中扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)、塔里木裂腹鱼(Schiorhorax biddulphi)、扁嘴裂腹鱼(Schiorhorax esocinu)和高原裸裂尻鱼(Schiorhorax stoliczkae Steindachner)未见,而外来鱼类则增加了12种,形成了土著鱼类与外来鱼类共存的生态格局;开都河鱼类区系及分布有较明显的多样性和地域性,受人为干扰、水温及大坝阻隔的影响,出山口后河段以外来鱼类占主导,而出山口以上河段则仍以土著鱼类为主,二者在空间分布上有较明显的界限。开都河鱼类区系的演变过程可分为两个阶段:稳定和发展阶段;人工引种后剧烈变化阶段。土著鱼类的保护管理应由政府牵头,进行保护、监测、科研等规划的顶层设计,突出栖息地生境的保护。