目的比较分析新农合制度下农村居民住院流向和医疗费用负担变化情况。方法抽取黑龙江省4个县市49个乡镇卫生院2008—2012年新农合数据,对关键知情者进行访谈。结果 2008—2012年5年间,新农合患者住院流向发生了明显的变化,在乡镇卫生院住院比例下降了20.89个百分点,而在县及县以上医疗机构住院人次比分别上升了10.77和10.12个百分点。5年间次均住院费增加了105%,年平均增长19.59%,其中以县以上住院增长为最高,高达78.36%。新农合的次均补偿费用增加了178%,实际补偿比从38.00%增长到51.85%,2012年,乡级实际补偿比达到82.82%,县级62.65%,而县外医疗机构仅为37.56%。居民的个人自付比例也下降了22个百分点。结论虽然新农合制度制定了不同机构差异化补偿政策,但单纯依赖新农合制度这一措施本身的力量,尚难以制约和改变新农合患者就医格局的逆向流动。患者越来越多地选择到县及以上大医院住院治疗的增长态势牵动了医疗费用的快速增长。如不及时出台相应政策将会给新农合资金的可持续性以及其对居民就医的经济保护能力提出严峻的挑战,亟待采取更加积极有效的措施来应对这一挑战。