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新疆是我国石竹属植物分布和分化中心，种质资源丰富。本文采用PCR直接测序法，对新疆石竹属(Dianchhus)植物野生种共8个种及外组群(Lychniscoronata Thunb)rDNA的ITS区(包括ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2)进行序列测定。研究结果说明，新疆石竹属植物的ITS序列总长度为617-621bp，长度变异较小，仅相差4bp，种间序列同源性很高，达97.6％-99.8％，外组群的序列同源性为80％左右。ITS区序列在石竹属内是相当保守的。石竹属物种间序列变异位点基本上是转换多于颠换，且转换率较高，转换/颠换率为1.0-3.0。
系统地位和亲缘关系分析表明分布于中国的石竹属植物3个组即齿瓣组(sect.BarbulatumWilliams)与石竹组(sect.Dianthus)、瓣组(sect.Fimbriatum Williams)的亲缘关系较远，而sect.Dianthus与sect.FimbriatumWilliams的亲缘关系较近。ITS系统发育树揭示了石竹组起源早于瓣组和齿瓣组，其结果与传统形态学论述存在很大差异。