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转基因作物与土壤生态系统环境要素紧密相关。土壤微生物作为土壤生态系统的一个重要组成部分，转基因作物大面积种植是否会给土壤微生物带来影响已成为其生态风险评价中不可忽视的一个方面。土壤中的微生物种类繁多，因此在研究时有必要选取一些具有代表性的微生物进行分析。丛枝菌根真菌作为一类重要的土壤环境指示微生物，在改善土壤质量与健康状况、提高生物多样性、促进植物生长等方面发挥着不可替代的作用。文章就主要转基因作物对丛枝菌根真菌的影响和作用机制进行综述，认为可将丛枝菌根真菌作为评价转基因作物对土壤生态系统影响的指示生物。