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国家对“三农”的支持保护力度进一步加大，对推进农业结构的战略性调整，促进粮食增产和农民增收，保持农村经济持续稳定健康发展发挥了重要作用。但必须清醒地看到，从统筹城乡经济社会发展的要求和新世纪农业肩负的繁重任务看，目前农业投资总量依然严重不足，农业基础薄弱的状况仍未从根本上得以改变，而且投资结构不合理，管理方式滞后，严重影响政府投资效益，难以适应农业发展新阶段和我国加入WTO新形势的要求，必须采取有力措施认真研究解决。当前重点要研究和解决以下4个重大问题。
一、继续增加政府支农投资总量，逐步建立农业投资稳定增长的长效机制
今后一个时期，农业投资需求继续呈刚性增长态势。一是土地、水等稀缺资源对农业发展的约束日益突出，合理开发利用和保护水土资源，提高农业综合生产能力的要求愈来愈迫切，投资需求强劲；二是农业生产成本加速上升，转变农业增长方式的要求更加迫切，急需政府加大对农业科技、农产品质量标准等方面的投入，以提高市场竞争力；三是农业可持续发展任务艰巨，林业生态建设任务繁重；四是农村基础设施特别是小型公益设施严重滞后，急需加大投入支持力度，改善农村生产生活条件和提高农村公共服务水平；五是目前一些在建项目剩余任务多，工作量大，一些急需开工建设的新项目对投资的需要也明显增加。
要坚持以工促农、以城带乡的新思路，积极调整国民收入分配政策和财政支出结构，强化对“三农”的支持保护。一是可考虑与经济发展水平和中央财力增长基本相适应，逐年增加中央政府支农投资规模，逐步建立工业反哺农业、城市反哺农村的支持机制。二是结合粮食流通体制改革，逐步减少财政对农产品流通环节的巨额补贴，相应转为农业基础设施投资，变间接支持为对农业的直接支持。三是随着国债的逐步淡出，逐年增加正常预算内中央农业固定资产投资，切实改变目前中央政府支农投资中国债投资多、正常预算内投资少、中央支农投资主要依靠国债支撑的状况，保持中央政府支农投资的合理规模，避免年际间大起大落，确保平稳增长。要进一步改革和完善现行财税体制，大力发展县域经济，增强地方政府特别是县级政府的财力，加大地方政府支农投资力度，确保地方政府支农投资正常稳定增长，逐步改变农业基础设施投资对中央政府的高度依赖。四是加快农业投资立法。尽快研究制定更加明确和更具约束力的《农业投资法》，对各级政府的农业投资职责、投资方向和领域、农业投资增长机制、管理体制等进行明确的法律规定和硬约束，依法建立政府支农投资稳定增长的机制。
二、进一步调整和优化农业投资结构，促进粮食持续增产和农民持续增收
近年来，中央政府投资中用于改善农业生产条件、提升农业生产力水平、促进农民直接增收的项目不多，占政府支农投资的比重比较低。特别是农村中小型基础设施建设，长期主要依靠农民自己筹资筹劳解决。农村税费改革后农民筹资筹劳难度的加大，农村中小型基础设施建设投资面临较大的投入缺口，严重制约了农民生产生活条件的改善以及农民增收。
在进一步加大对重大农林水利基础设施投资支持力度的同时，重点向能够提高农业综合生产能力的项目倾斜，向能够改善农村生产生活条件的项目倾斜，向能够直接促进农民增收的项目倾斜，向主产区和西部贫困地区倾斜。继续加大对种子工程、畜禽水产良种工程、动植物保护体系建设的投入支持力度。支持农业科技发展，加强农产品质量安全、检验检疫、市场体系建设，发展特色农业和具有出口优势的农产品生产，降低农业生产成本，提高产品质量，增强市场竞争力。继续搞好农田基础设施建设，发展节水灌溉，扩大农田有效灌溉面积，加大优质粮食产业工程投资力度，继续建设大型商品粮生产基地，搞好农业综合开发，建设高产稳产基本农田，做到储粮于地，不断提高粮食综合生产能力。特别要重点支持与农业生产和农民增收关系密切的节水灌溉、人畜饮水、乡村道路、农村水电、农村沼气、草场围栏等农村小型基础设施建设，不断充实建设内容，扩大投资规模。应适时开展以全面建设小康社会为目标的“新农村建设”，扩大以工代赈规模，通过国家出钱、农民出力的方式，发动农民修路、改水改厕。从我国仍将长期处于社会主义初级阶段和农村劳动力资源丰富的现实出发，适应农村税费改革后的新形势，建立新的依靠农民投工投劳解决自己生产生活问题的机制和办法。按照统筹城乡经济社会发展的要求，完善公共财政制度，统筹城乡基础设施建设，把农村公共领域的事业建设纳入政府支持的范围，进一步加大对农村基础教育、文化设施、农村基本医疗卫生服务设施的支持力度，加强面向农村的科技、金融、市场、信息服务，尽可能地缩小城乡公共服务差距，逐步改变农村落后的面貌。
三、整合政府支农投资，着力解决多头管理和重复建设问题，提高政府支农投资效率
目前政府支农投资的渠道比较多，其中仅属于建设性财政拨款投入的就有农业固定资产投资（含国债资金）、农业综合开发资金、扶贫以工代赈资金、专项财政扶贫资金和财政部门直接安排支援农村生产、扶持农业产业化、农村小型公益设施建设资金等建设性资金。这些不同渠道的支农投资突出存在4个方面的问题：一是管理部门多，统筹协调难；二是计划下达方式各异、项目管理办法多样；三是资金使用分散，难以形成合力；四是交叉重复现象明显，资金使用效率低下。因此，对当前不同渠道的政府支农投资进行整合和统筹使用，提高资金使用效率，是十分必要和紧迫的。
整合政府支农投资涉及有关部门的职责分工和多方面利益关系的重大调整，又与投资体制改革、财政体制改革、行政审批制度改革等密切相关，工作难度很大。2004年中央1号文件明确提出要“按照统一规划、明确分工、统筹安排的要求，整合现有各项支农投资，集中财力，突出重点，提高资金使用效率”。按照这一要求，从现实出发，当前的工作重点：一是先从中央部门内部做起，加强内部协调与配合。二是发挥规划的引导和统筹协调作用，坚持按规划安排项目，按项目安排投资。三是建立部门会商协调机制，完善投资主管部门、财政主管部门和行业主管部门及其他相关部门分工明确、相互协作的管理体制。四是规范项目管理办法和程序。按照投资体制改革决定，按项目隶属关系安排项目和下达投资，清理支农投资管理办法。五是开展县级政府支农投资整合试点，在按项目安排投资的原则下，在项目布局和管理方面赋予地方政府更大的自主权，实行责权挂钩，建立绩效考核和责任追究制度，确保资金使用安全高效。通过重点扶持，典型示范，总结经验，推进支农投资整合工作。
在抓好当前工作的同时，也要着眼于体制机制创新，以国务院投资体制改革决定精神为指导，从制度安排上，探索整合政府支农投资的长效机制：一是合理界定政府支农投资范围。严格把握政府支农投资使用方向。明确中央与地方政府投资事权，重点解决中央政府和地方政府在投入范围、投入职责方面存在的模糊不清、缺乏规范、缺位与越位情况并存等突出问题，强化地方政府的责任，增强地方政府自主决策权。二是改革政府支农投资分配与管理体制。统一预算内资金与预算外资金，科学划分财政支农预算科目，把人员机构经费与建设发展支出严格分开，从源头上改变投资渠道多、使用分散的状况。三是从农业和农村发展的长远考虑，逐步将现有各项支农投资归并，重新确定政府支农投资分类。按照分类，组织各有关部门和地区编制中长期规划和年度计划，使相关的建设内容和项目布局相互衔接起来。
四、创新支农投资管理体制和运行机制，建立多元化的农业投资体制
一是改革和创新支农投资方式。目前，中央政府支农投资主要投向国有经济，对农民、个体、私营等经济不支持，不利于调动各方面发展农业的积极性。而且倾向于直接投资，较少发挥财政资金在投资贴息、投资补贴等方面的功能。中央投资的传导机制不灵活，导向作用不明显，与国际通行的采取投资补贴的办法有很大距离，投资方式亟待改进。要逐步改变这种单一的、直接的、无偿的投资方式，根据项目性质，采用投资补助、资本金注入、财政贴息等，发挥政府支农投资的引导作用。采用财政投资补贴的方式，吸引农民和其它社会主体投资农业，是市场经济国家比较通行的做法，其突出优点是：既能发挥财政投入的主导作用，吸引社会投资，引导全社会投资方向，又可以避免政府直接投资造成的产权不清、管理不善、效率低下等诸多问题。对于既有一定公益性、又具备经营效益的项目，这种方式的优点尤为突出。当前应尽快制订和出台有关实行财政投资补贴的政策和办法。二是健全政府支农投资决策和项目法人约束机制。国家主要通过规划和政策指导、信息发布以及规范市场准入、引导社会投资方向，抑制无序竞争和盲目重复建设。健全政府投资项目决策程序，主要通过完善咨询评估论证制度、实行重大项目专家评议制度和逐步实行政府投资项目公示制度等三项制度，提高政府投资决策的科学化、民主化水平，咨询评估也要引入竞争机制。三是改进项目建设实施方式。开展“代建制”等投资改革试点，积极探索小型项目实行“以奖代投”的有效办法。四是放宽市场准入。允许非公有制资本进入法律法规未禁入的农林水利基础设施、农村中小型公益事业、生态建设等领域，鼓励各种形式的联合投资，对非公有制实行公平待遇。五是创新农村小型基础设施管理体制和运行机制，改革产权制度，清晰归属、明确权责，加强建后管理和维护，改变目前小型设施重建轻管、无人维护的状况，解决产权不清、管理不善、效率低下等突出问题，提高支农投资使用效益。
一、继续增加政府支农投资总量，逐步建立农业投资稳定增长的长效机制
今后一个时期，农业投资需求继续呈刚性增长态势。一是土地、水等稀缺资源对农业发展的约束日益突出，合理开发利用和保护水土资源，提高农业综合生产能力的要求愈来愈迫切，投资需求强劲；二是农业生产成本加速上升，转变农业增长方式的要求更加迫切，急需政府加大对农业科技、农产品质量标准等方面的投入，以提高市场竞争力；三是农业可持续发展任务艰巨，林业生态建设任务繁重；四是农村基础设施特别是小型公益设施严重滞后，急需加大投入支持力度，改善农村生产生活条件和提高农村公共服务水平；五是目前一些在建项目剩余任务多，工作量大，一些急需开工建设的新项目对投资的需要也明显增加。
要坚持以工促农、以城带乡的新思路，积极调整国民收入分配政策和财政支出结构，强化对“三农”的支持保护。一是可考虑与经济发展水平和中央财力增长基本相适应，逐年增加中央政府支农投资规模，逐步建立工业反哺农业、城市反哺农村的支持机制。二是结合粮食流通体制改革，逐步减少财政对农产品流通环节的巨额补贴，相应转为农业基础设施投资，变间接支持为对农业的直接支持。三是随着国债的逐步淡出，逐年增加正常预算内中央农业固定资产投资，切实改变目前中央政府支农投资中国债投资多、正常预算内投资少、中央支农投资主要依靠国债支撑的状况，保持中央政府支农投资的合理规模，避免年际间大起大落，确保平稳增长。要进一步改革和完善现行财税体制，大力发展县域经济，增强地方政府特别是县级政府的财力，加大地方政府支农投资力度，确保地方政府支农投资正常稳定增长，逐步改变农业基础设施投资对中央政府的高度依赖。四是加快农业投资立法。尽快研究制定更加明确和更具约束力的《农业投资法》，对各级政府的农业投资职责、投资方向和领域、农业投资增长机制、管理体制等进行明确的法律规定和硬约束，依法建立政府支农投资稳定增长的机制。
二、进一步调整和优化农业投资结构，促进粮食持续增产和农民持续增收
近年来，中央政府投资中用于改善农业生产条件、提升农业生产力水平、促进农民直接增收的项目不多，占政府支农投资的比重比较低。特别是农村中小型基础设施建设，长期主要依靠农民自己筹资筹劳解决。农村税费改革后农民筹资筹劳难度的加大，农村中小型基础设施建设投资面临较大的投入缺口，严重制约了农民生产生活条件的改善以及农民增收。
在进一步加大对重大农林水利基础设施投资支持力度的同时，重点向能够提高农业综合生产能力的项目倾斜，向能够改善农村生产生活条件的项目倾斜，向能够直接促进农民增收的项目倾斜，向主产区和西部贫困地区倾斜。继续加大对种子工程、畜禽水产良种工程、动植物保护体系建设的投入支持力度。支持农业科技发展，加强农产品质量安全、检验检疫、市场体系建设，发展特色农业和具有出口优势的农产品生产，降低农业生产成本，提高产品质量，增强市场竞争力。继续搞好农田基础设施建设，发展节水灌溉，扩大农田有效灌溉面积，加大优质粮食产业工程投资力度，继续建设大型商品粮生产基地，搞好农业综合开发，建设高产稳产基本农田，做到储粮于地，不断提高粮食综合生产能力。特别要重点支持与农业生产和农民增收关系密切的节水灌溉、人畜饮水、乡村道路、农村水电、农村沼气、草场围栏等农村小型基础设施建设，不断充实建设内容，扩大投资规模。应适时开展以全面建设小康社会为目标的“新农村建设”，扩大以工代赈规模，通过国家出钱、农民出力的方式，发动农民修路、改水改厕。从我国仍将长期处于社会主义初级阶段和农村劳动力资源丰富的现实出发，适应农村税费改革后的新形势，建立新的依靠农民投工投劳解决自己生产生活问题的机制和办法。按照统筹城乡经济社会发展的要求，完善公共财政制度，统筹城乡基础设施建设，把农村公共领域的事业建设纳入政府支持的范围，进一步加大对农村基础教育、文化设施、农村基本医疗卫生服务设施的支持力度，加强面向农村的科技、金融、市场、信息服务，尽可能地缩小城乡公共服务差距，逐步改变农村落后的面貌。
三、整合政府支农投资，着力解决多头管理和重复建设问题，提高政府支农投资效率
目前政府支农投资的渠道比较多，其中仅属于建设性财政拨款投入的就有农业固定资产投资（含国债资金）、农业综合开发资金、扶贫以工代赈资金、专项财政扶贫资金和财政部门直接安排支援农村生产、扶持农业产业化、农村小型公益设施建设资金等建设性资金。这些不同渠道的支农投资突出存在4个方面的问题：一是管理部门多，统筹协调难；二是计划下达方式各异、项目管理办法多样；三是资金使用分散，难以形成合力；四是交叉重复现象明显，资金使用效率低下。因此，对当前不同渠道的政府支农投资进行整合和统筹使用，提高资金使用效率，是十分必要和紧迫的。
整合政府支农投资涉及有关部门的职责分工和多方面利益关系的重大调整，又与投资体制改革、财政体制改革、行政审批制度改革等密切相关，工作难度很大。2004年中央1号文件明确提出要“按照统一规划、明确分工、统筹安排的要求，整合现有各项支农投资，集中财力，突出重点，提高资金使用效率”。按照这一要求，从现实出发，当前的工作重点：一是先从中央部门内部做起，加强内部协调与配合。二是发挥规划的引导和统筹协调作用，坚持按规划安排项目，按项目安排投资。三是建立部门会商协调机制，完善投资主管部门、财政主管部门和行业主管部门及其他相关部门分工明确、相互协作的管理体制。四是规范项目管理办法和程序。按照投资体制改革决定，按项目隶属关系安排项目和下达投资，清理支农投资管理办法。五是开展县级政府支农投资整合试点，在按项目安排投资的原则下，在项目布局和管理方面赋予地方政府更大的自主权，实行责权挂钩，建立绩效考核和责任追究制度，确保资金使用安全高效。通过重点扶持，典型示范，总结经验，推进支农投资整合工作。
在抓好当前工作的同时，也要着眼于体制机制创新，以国务院投资体制改革决定精神为指导，从制度安排上，探索整合政府支农投资的长效机制：一是合理界定政府支农投资范围。严格把握政府支农投资使用方向。明确中央与地方政府投资事权，重点解决中央政府和地方政府在投入范围、投入职责方面存在的模糊不清、缺乏规范、缺位与越位情况并存等突出问题，强化地方政府的责任，增强地方政府自主决策权。二是改革政府支农投资分配与管理体制。统一预算内资金与预算外资金，科学划分财政支农预算科目，把人员机构经费与建设发展支出严格分开，从源头上改变投资渠道多、使用分散的状况。三是从农业和农村发展的长远考虑，逐步将现有各项支农投资归并，重新确定政府支农投资分类。按照分类，组织各有关部门和地区编制中长期规划和年度计划，使相关的建设内容和项目布局相互衔接起来。
四、创新支农投资管理体制和运行机制，建立多元化的农业投资体制
一是改革和创新支农投资方式。目前，中央政府支农投资主要投向国有经济，对农民、个体、私营等经济不支持，不利于调动各方面发展农业的积极性。而且倾向于直接投资，较少发挥财政资金在投资贴息、投资补贴等方面的功能。中央投资的传导机制不灵活，导向作用不明显，与国际通行的采取投资补贴的办法有很大距离，投资方式亟待改进。要逐步改变这种单一的、直接的、无偿的投资方式，根据项目性质，采用投资补助、资本金注入、财政贴息等，发挥政府支农投资的引导作用。采用财政投资补贴的方式，吸引农民和其它社会主体投资农业，是市场经济国家比较通行的做法，其突出优点是：既能发挥财政投入的主导作用，吸引社会投资，引导全社会投资方向，又可以避免政府直接投资造成的产权不清、管理不善、效率低下等诸多问题。对于既有一定公益性、又具备经营效益的项目，这种方式的优点尤为突出。当前应尽快制订和出台有关实行财政投资补贴的政策和办法。二是健全政府支农投资决策和项目法人约束机制。国家主要通过规划和政策指导、信息发布以及规范市场准入、引导社会投资方向，抑制无序竞争和盲目重复建设。健全政府投资项目决策程序，主要通过完善咨询评估论证制度、实行重大项目专家评议制度和逐步实行政府投资项目公示制度等三项制度，提高政府投资决策的科学化、民主化水平，咨询评估也要引入竞争机制。三是改进项目建设实施方式。开展“代建制”等投资改革试点，积极探索小型项目实行“以奖代投”的有效办法。四是放宽市场准入。允许非公有制资本进入法律法规未禁入的农林水利基础设施、农村中小型公益事业、生态建设等领域，鼓励各种形式的联合投资，对非公有制实行公平待遇。五是创新农村小型基础设施管理体制和运行机制，改革产权制度，清晰归属、明确权责，加强建后管理和维护，改变目前小型设施重建轻管、无人维护的状况，解决产权不清、管理不善、效率低下等突出问题，提高支农投资使用效益。