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基本药物供应保障体系属于机制建设，政策之间具有相互影响和作用，比如药品流通零差率政策减轻了患者负担，但是也对基层医疗机构的运营产生了影响。为了使基层医疗机构按政策设计以“任务”为导向，而不是以“利益”为导向，政府补偿必须及时、足额到位，以保证其行为的公益性。在这一过程中，政府补偿的制度设计、补偿额度、补偿方式及补偿资金的使用，均会影响基本药物供应保障体系的政策目标及其可持续性。因此，本文将以安徽省和山东省的政策实践为例，厘清上述补偿机制制度设计所存在的预算软约束、补偿额不足及不公平、补偿方式不适宜等问题。