发展生态农业的几大障碍但不能否认，还存在着一些问题。这些问题正成为限制生态农业进一步发展的障碍。　　理论基础尚不完备生态农业是一种复杂的系统工程，它需要包括农学、林学、畜牧学、水产养殖、生态学、资源科学、环境科学、加工技术以及社会科学在内的多种学科的支持。　　以前的研究，往往是单一学科的，因此可能对这一复杂系统中的某一方面有了一定的、甚至是比较深入的了解，但是对于这些方面之间的相互作用还知之甚少。因此，需要进一步从系统、综合的角度，对生态农业进行更加深入的研究，特别是要素之间的耦合规律、结构的优化设计、科学的分类体系、客观的评价方法方面。这种研究应当建立在对现有生态农业模式进行深入的调查分析基础上，必须超越生物学、生态学、社会科学和经济学之间的界限，应当是多学科的交叉与综合，需要多种学科专家的共同参与，需要建立生态农业的自身的理论体系。