构效关系(QSAR)和对接(DOCK)是计算机辅助药物设计(CADD)的两个主要工具.二者都从药物配体与蛋白质受体间的对接自由能出发预测药物候选物的生物活性,但二者的对接自由ΔG的估算方法不同.QSAR用分子的理化参数(描述子)建立配体的线性自由能函数,aelecfelec+acdW+fvdW+alipflip+…=ΔGl≈logKl(1)式中{fk}是分子的理化参数,{ak}是预测系数.QSAR的线性自由能函数不涉及药物受体的结构.DOCK则根据药物配体与受体的三维结构,“准确”计算配体与受体间的结合自由能的各种作用项,∑i＞j qiqj/ri,j+∑i＞j(aibj/12ri,j-aibj/6ri,j)+∑i＞j lilj/ri,j+…=ΔGl(2)虽然DOCK在对接自由能的计算中采用了优化的分子力场并考虑了诸多因素,但分子相互作用是量子力学问题,不可能用分子力学“精确”计算.为此我们在DOCK的自由能公式中添加了一组系数{ak},在DOCK自由能计算的基础上,再用QSAR的方法计算这组预测系数,aelec∑i＞j qiqj/ri,j+avdW∑i＞j(aibj/12ri,j-aibj/6ri,j)+alip∑i＞jlilj/ri,j+…=ΔGl≈logKl(3)对接自由能ΔGl虽然是药物活性logKl的主要因素,但不是唯一的因素.在DOCK的对接自由能公式中加入QSAR的预测系数,并直接与生物活性logKl相关联,必能提高DOCK的预测能力式.式(3)实际上是DOCK与QSAR相结合的预测方法,起到了Docking加Scoring的作用.