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2008年9月到2009年1月期间,三个病例(FMV08-1114252,FMV08-1133505和FMV09-1134568)送到蒙特利尔大学兽医诊断服务室.送检的3个病例都与猪圆环病毒相关疾病(PCVAD)无关.用肺脏和淋巴结样品进行了包括鉴别诊断PCV2a和PCV2b基因型的多重实时定量PCR(mrtqPCR)等诊断检测.多重实时定量PCR检测结果非常奇怪,结果表明病毒基因组出现了基因组突变.考虑到之前的命名方法以及先发现ORFl而后发现ORF2，因此将这个新PCV病毒命名为PCV1/2a。两个假说可以解释猪PCV1/2a病毒的出现:(a)感染动物体内出现PCV1和PCV2a的自然遗传重组;或者(b)来源于人类的灭活嵌合病毒疫苗毒株。然而，虽然魁北克猪PCV1和PCV2a的发现率并不高，但是PCV1和PCV2a的自然遗传重组仍然是个可能的解释。2008年初，加拿大上市了一种新的商品化疫苗(Suvaxyn.PCV2)。这个疫苗使用灭活的嵌合PCV病毒。这个嵌合的PCV基因组由PCV1的ORF1和PCV2a的ORF2基因组成。新分离到的PCV1/2a毒株核酸序列与嵌合的PCV疫苗株相比具有5-6个差异，其核普酸同源性为99.6-99.7％，而且所有差异都位于ORFl。