以中国农业科学院蔬菜花卉研究所测序的萝卜36-2基因组注释信息及根、叶、薹、花、角果、愈伤组织转录组数据,以及拟南芥信息资源数据库(TAIR)拟南芥注释信息,十字花科数据库(BRAD)白菜、甘蓝基因组注释信息为基础,根据前人报道的拟南芥抽薹开花160个蛋白编码相关基因,使用blastp软件进行序列相似性搜索,使用SynOrths软件进行基因共线性分析,结合二者结果并使用MEGA6采用NJ法构建系统发育树,确定萝卜抽薹开花相关基因。(1)鉴定出萝卜抽薹开花相关基因253个,它们在萝卜各染色体分布是不均匀的,1号染色体上分布最多,占到19.43%,6号染色体上分布最少,仅占5.26%。在拟南芥160个抽薹开花相关基因中,有17个未在萝卜中找到同源基因,包括CAL、VIP3、ZTL等。采用相同方法在白菜、甘蓝中分别鉴定出抽薹开花相关基因276和267个。有1 1个基因在白菜或甘蓝中存在,而在萝卜中已丢失。(2)抽薹开花相关基因在萝卜中大量保留。控制抽薹开花时间的赤霉素途径基因保留率(84.00%)、光周期途径基因保留率(76.12%)、花器官形成及发育相关基因保留率(73.68%)均显著高于真核生物核心基因保留率(65.80%),春化途径相关基因保留率(65.31%)与真核生物核心基因保留率相当。4个途径基因保留率均显著高于拟南芥基因在萝卜中平均保留率(44.79%)。(3)在萝卜的253个抽薹开花相关基因中,只有3个基因[Rsa10004101(PRR3)、Rsa10007691(CDF2)和Rsa10016703(COP1)]在根、叶、薹、花、角果及愈伤组织未表达,有8个基因在花中特异表达,这8个基因中有7个与花器官形成与发育相关。