多主棒孢(Corynespora cassiicola)是一种世界性分布的重要植物病原真菌,能够侵染包括橡胶、黄瓜、番茄、大豆、辣椒等在内的多种经济作物,其中尤以橡胶上发生的棒孢霉落叶病较为严重,相关报道也最多。本实验室于2016—2017年连续在河南省中牟县采集到的草莓叶片病斑上分离出多主棒孢菌,经柯赫氏法则验证,确定其为引起该叶部病害的病原物。由于国内外尚未有关多主棒孢侵染草莓的报道,我们认为它是草莓上的一种新病害,并将其正式命名为草莓棒孢叶斑病。调查发现,该病害在不同草莓品种(甜查理、红颜和章姬)上的发病率为10%～60%,早期形成棕褐色的小圆斑,随着发病时间的延长,病斑逐渐扩展并伴有黄色晕圈产生,最终导致整个叶片枯死。因此,草莓棒孢叶斑病对我国草莓产业的健康发展构成了极大的潜在威胁。通过对草莓棒孢叶斑病菌CM1与另一株采自云南的橡胶树棒孢霉落叶病菌XJ进行比较研究,发现二者在遗传背景、培养性状及致病力方面均存在差异。首先,多主棒孢菌株CM1和XJ在同源基因EF-1a(289bp)、ACT1(286bp)和β-tubulin(407bp)上总计存在2.75%的单核苷酸变异,且菌株CM1拥有Cassiicolin毒素基因而在菌株XJ中未检测到该基因,这意味着它们之间很可能发生了明显的种内遗传分化。其次,相比于菌株XJ,菌株CM1的生长速率相对较快(11.5mm/d vs.10.0mm/d),色素分泌较少(背面),但正面菌落颜色较深(呈灰白色),且常发生扇变现象。最后,无论是活体还是离体接种,菌株CM1均能在草莓叶片上产生坏死斑,具有较强的致病力,而菌株XJ则无法侵染草莓叶片,因此它们应为两种不同的致病型。基于上述结果,我们应用新一代纳米孔(Nanopore)测序平台辅以二代(Illumina)测序技术对菌株CM1和XJ进行全基因组测序,以期揭示多主棒孢菌种内表型分化的遗传基础和动力来源。经过de novo拼装,我们分别得到了44.9Mb的CM1基因组(N50,1.6Mb;L50,10;Num.of Contig,127)和44.4Mb的XJ基因组(N50,4.6Mb;L50,4;Num.of Contig,23)。如此高质量基因组序列图谱的完成将有助于进一步分析多主棒孢种内的基因组演化机制以及挖掘草莓棒孢叶斑病菌致病相关的基因。