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蛋白印迹目前仍存在一些瓶颈问题：1)蛋白分子体积庞大，进出印迹空腔受到空腔尺寸和刚性的限制；2)蛋白分子结构的复杂性对印迹空腔尺寸及形状在反复使用过程中的可保持性要求更高；3)相较于小分子，蛋白分子的传质更加困难，其吸附作用主要依靠表面印迹位点，致使印迹材料有效分离位点减少，分离效率降低；4)蛋白表面性质复杂，印迹材料对其具有较强的非特异性吸附作用，极大地影响了材料的选择性。