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烟草丛顶病毒(Tobacco bushy top virus,TBTV)属于番茄丛矮病毒科幽影病毒属,基因组由一条正义单链RNA (+ssRNA)病毒组成,全长4 152nt。5′端没有帽子结构(m7GPPPN),3′端也没有poly (A)尾序列。TBTV基因组的5′UTR为10 nt;3′UTR长达645 nt,存在一个不依赖帽子翻译调控元件——BTE结构。BTE结构中含有结合翻译起始因子eIF4E的关键区域,也还有与5′UTR存在远距离RNA-RNA互作的区域,此远距离RNA-RNA互作对不依赖帽子翻译至关重要。研究发现3个TBTV分离物(TBTV-MDI、TBTV-MDII、TBTV-JC)的p35蛋白表达量明显低于野生型TBTV。嵌合病毒的翻译分析表明,RI区(TBTV 5′末端的511 nt)和RV区(包括BTE在内的3138—3885区域)是影响蛋白表达的关键区域,推测RI区可能是通过干扰基因组5′UTR与BTE的远距离互作从而抑制了p35的表达。TB-MDI (1-511)嵌合病毒的基础上增加5’UTR,发现增加两个5′UTR序列后蛋白表达量恢复到野生型的50%以上。暗示在原有的5’末端511 nt中存在突变位点,此突变位点通过与5′UTR的局部互作而影响5′UTR与BTE的远距离RNA-RNA互作,进而抑制不依赖帽子的翻译水平。比对3个新分离物1-511与TBTV野生型对应区域的序列,找到了在3个分离物中均存在的9个共有突变位点,其中关于299位、405位和464位的突变可以使嵌合病毒TB-MDI (1-511)的蛋白表达明显提高,说明这3个位点及其上下游序列的存在与5′UTR形成潜在的局部互作,在一定程度上阻止了5′UTR与BTE的远距离RNA-RNA互作,抑制了不依赖帽子的翻译水平。TBTV基因组的5′端存在分子开关,此开关控制5′UTR与3′UTR间的远距离RNA-RNA互作,通过调节TBTV RNA的环化状态来调控TBTV的不依赖帽子翻译。