上海及河南地区HIV-1 gag基因p24蛋白编码区序列变异性及亚型分析

来源 :中华中医药学会防治艾滋病分会2004年防治艾滋病学术研讨会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:Anody12341234
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目的:了解目前我国河南及上海地区HIV感染者p24蛋白编码区的基因变异性以及亚型的分布状况.方法:收集河南及上海地区37份已经证实的HIV-1感染患者的血浆标本并抽提出RNA,其中25份采自于河南,感染途径主要是非法采血;12份采自于上海,主要为经输血制品感染的血友病患者以及经性接触感染者.采用RT-PCR和Nested-PCR的方法扩增所需的目的基因,使用DNA测序仪直接测序;应用CLUSTAL X、PHYLIP等软件对序列进行比对及进化树分析.结果:亚型分析表明所有样本中83.8%为(31/37)为B亚型,在25例河南患者中23例(92%)为B亚型,2例为A亚型;在12例上海患者中8例(66.7%)为B亚型,1例为A亚型,2例为CRF01_AE亚型,1例为CRF02_AG亚型.分别对河南与上海地区的B亚型序列进行分析,与国际共享序列相比,23例河南B亚型的p24编码区中发生核苷酸改变的位点比例为1.6%~4.2%,平均为3.2%;8例上海B亚型核苷酸位点改变的比例为2.0%~3.8%,平均为3.4%.在所有变异位点中均未发现有连续G->A的高度突变.两组B亚型内平均基因离散率分别为3.7%和3.5%,B亚型与其它亚型之间的基因离散率则为11.1%~12.5%.应用CLUSTAL-X分别得出河南及上海地区各自的B亚型共享序列并与国际共享序列进行比对,发现这两个共享序列产生氨基酸变异的比例均为2.2%(5/231),其中有3个变异位点相同,分别为A14P、I91V及E180D,而这两个共享序列之间的差异却极小,仅为0.9%(2/231).进化树分析亦表明所有样本中大多为B亚型,且所有来自河南的B亚型样本以及大部分上海的B亚型样本多与源自泰国的B亚型相距较近.结论:我国河南及上海地区HIV感染以B亚型较为多见,两地区的B亚型之间有较高的同源性,且p24蛋白有共同的氨基酸变异位点.
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