中医学将病人当作一个整体来进行辨证论治，在长期临床实践中积累了大量有效方剂。然而，病人的整体非常复杂，中药方剂所含成分众多，采用"单靶标，单药物"研究模式难以理解复杂整体，也难以解释一些有效中药的科学基础。为突破当前一靶一药研究模式的局限，我们尝试提出"网络靶标"的新思路，并通过多年努力，建立了网络靶标分析的系列方法，由此探索中医药的一些关键科学问题取得了有意义的发现。建立的网络靶标方法包括基于网络的疾病基因谱预测、中药成分靶标谱预测、基于网络的药物发现和协同作用成分筛选、中药方剂配伍网络和网络调节机理分析等。以上方法在中医寒热证候的生物网络、生物标志、寒热中药组方、六味地黄系列方的网络调节机制和药物发现等方面得到了有效应用。研究提示，网络靶标思路与方法有望为中医药研究提供一种新的整体性方法，有助于改进现有药物发现策略、提高中药药物发现效率，同时也推动了中药网络药理学这一新方向的开拓与发展。