@@微生物是湖泊等生态系统中的重要组成部分，是湖泊等生态系统中物质循环的主要驱动者，是深入了解湖泊等生态系统结构与功能的关键。但是由于研究方法和手段的缺乏，湖泊中的微生物长期以来被作为一个“黑箱”来看待。直到本世纪初，科学家才基本认定淡水湖泊中的浮游细菌等微生物有其独特的区系和组成，但由于绝大多数的细菌等微生物不能够分离和纯培养，因此对湖泊微生物的种群生态学、群落生态学和多样性等领域的认识是一个空白，相关的生态学理论几乎没有。近10年来，随着现代分子生物学等技术的发展，湖泊微生物生态学也得到了较快发展，研究工作正逐步由描述性的结构分析转变为假说驱动下的实验和调查研究，在揭示环境因子如何影响湖泊微生物结构的基础上，逐步探索传统生态学理论在湖泊细菌等微生物生态学领域的适用性，进而逐渐形成和丰富微生物生态学的基本理论体系。