本文以江西省3949个农民用水协会数据为例，对不同组建边界的农民用水协会运行绩效及其影响因素进行实证分析。统计分析表明，不同组建边界的农民用水协会运行绩效差异明显，按行政村边界组建的用水协会运行绩效好于按水文边界组建的用水协会。通过计量模型分析，本文进一步发现：不同组建边界的农民用水协会运行绩效的影响因素不同。协会起源、协会主要领导人产生方式、是否有工程产权证、灌溉设施完好率对按水文边界组建的农民用水协会运行绩效有正向影响，而是否注册、租借用办公场、参与农户数、协会工作人员数、协会主要领导人身份对按水文边界组建的农民用水协会运行绩效有负向影响；是否注册、参与农户数、协会主要领导人产生方式、灌溉设施完好率、灌区规模对按行政村边界组建的农民用水协会运行绩效有正向影响，而协会成立年限、协会起源、租借用办公场、协会工作人员数、协会主要领导人身份对按行政村边界组建的农民用水协会运行绩效有负向影响。最后，本文给出提升农民用水协会运行绩效的政策建议。