诺如病毒GZ2010-L26株基因组克隆及序列分析

来源 :纪念中国微生物学会成立六十周年大会暨2012年中国微生物学会学术年会 | 被引量 : 0次 | 上传用户:flareleaf
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  目的:为了解广州地区诺如病毒主要流行基因型的全长基因组特征,本研究克隆并分析了代表株GZ2010-L26的全基因组序列。方法:在对广州地区临床样本中诺如病毒污染状况调查的基础上,以检测获得的代表株GZ2010-L26为研究对象,通过BLAST同源序列为模板设计引物,并采用三段克隆法扩增并拼接得到了GZ2010-L26的全基因组序列,同时运用ClustalX、DNASTAR、MEGA等软件对其进行分析,构建系统发育树。结果:GZ2010-L26株基因组全长为7557bp,编码3个开放阅读框,其中ORF1为5100bp, ORF2为1623bp, ORF3为807bp,以及3’端非编码区为46bp。另外,ORF1与ORF2之间具有19个核昔酸的重叠区域,ORF2与ORF3之间也公用一个碱基。根据全基因组及各ORF区的序列构建系统进化树,分析表明GZ2010-L26株属于GII.4-2006b亚型。结论:对诺如病毒流行株的全基因组分析,不但有助于加强对于流行株的认识,同时对变异信息积累、疫苗开发、突变预测等具有重要意义。
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