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文章对浙江省瓯江、灵江两水系的6个大眼华鳊群体的131个个体的线粒体控制区进行了序列测定，共发现了28个变异位点，定义了27个单倍型。多样性分析显示，灵江长潭水库(CT)群体的单倍型多样性和核苷酸多样性均最低，瓯江各群体要低于灵江的仙居(XJ)和临海(LH)群体。遗传分化指数Fst和基因流Nm以及单倍型网络图综合表明：瓯江的丽水群体和灵江的临海以及仙居有较为密切的联系。长潭水库(CT)与各群体都有显著分化。AMOVA分析表明，遗传变异的主要来源是群体内部而非群体间和水系间。中性检测提示仅有龙泉群体发生了明显的种群扩张。