SNP(Single Nucleotide Polymorphism)是基因组同一位置核苷酸水平上的变异引起的DNA的序列多态性.SNP标记可作为遗传图谱构建,基因定位克隆等研究工作的重要工具,越来越受到研究者的关注.随着测序技术的发展,转录组测序已成为研究生物发育阶段、细胞类型、环境互作等复杂分子机制的重要手段,同时也是鉴定多态性SNP分子标记的重要数据源.为了进一步丰富枇杷分子标记类型及数量,我们利用枇杷普通品种黄金块、解放钟和白玉转色期果肉的转录组数据进行了SNP分析,并利用BLAST软件将11096条包含SNP位点的Unigene序列与NR、Swiss-Prot、GO、COG、KEGG数据库比对,预测完Unigene的氨基酸序列之后使用HMMER软件与Pfam数据库比对,获得SNP-Unigene的注释信息.利用SOAPsnp软件对51,934条Unigene的序列信息进行检测,发现了大量的SNP位点.白玉和解放钟组合中发现478,007个SNP位点,其中白玉和黄金块都是纯合基因型的SNP有1,293个.白玉和黄金块组合中发现485,552个SNP位点,其中两个都是纯合基因型的有1,420个,黄金块和解放钟组合中发现549,687个SNP位点,其中两个都是纯合基因型的有1,484个.为进一步对得到的SNP所在基因功能进行分析,将包含SNP位点的11,096条Unigene序列注释到NR、Swiss-Prot、Pfam、GO、COG和KEGG数据库中.通过KEGG数据库进行pathway注释,在类胡萝卜素的生物合成代谢途径上的13条Unigene中发现较多的SNP位点.通过两两比对分析,在白玉vs黄金块,白玉vs解放钟,解放钟vs黄金块中分别发现507,457和613个可能与果实色泽相关的SNP标记.随着转录组测序研究的不断深入和相关生物信息学分析的不断完善,枇杷SNP资源将更加丰富,对枇杷遗传多样性分析和遗传育种等具有重要意义.