水产种质资源是水生生物资源的重要组成部分，同时也是渔业发展的物质基础，在水生生态系统中发挥着重要的作用。本文根据2007年-2012年收集整理的我国368处国家级水产种质资源保护区的申报材料，建设了保护区基础数据库和地理信息系统，并利用图层叠加、空间分析等地理信息技术，从划定类型、数量、区域分布、保护面积、保护对象等方面分析了国家级水产种质资源保护区的划定现状，指出了当前已划定的国家级水产种质资源保护区存在的主要问题，一是各类型比例不协调；二是区域分布不均匀；三是建设工作进展缓慢；四是多数缺少专管机构；五是普遍存在保护区内生物本底资料不清；六是保护区社会影响较弱。最后本文提出了加强水产种质资源保护区管理和研究的相关建议，一是尽快制定水产种质资源保护区建设规划；二是加强保护区相关科学研究工作；三是加强水产种质资源保护区的投入和管理；四是广泛开展水产种质资源保护区的宣传教育工作。