本文综述了代谢组学在药学、毒理学中的应用已经相当广泛，但在食品营养评价中的应用还不够成熟，由于代谢组学是通过分析机体摄入不同营养素和膳食后的代谢产物变化，评判其对机体健康和疾病的影响，进而评价某种营养素或膳食模式的优劣，相较于传统营养素及膳食评价方法来看更加直接和有效，并且有助于代谢通路和机制研究，因此在食品营养评价中的应用潜力巨大。提出了代谢组学在食品营养评价中的研究方法应注意四点：首先应注重实验设计，其次要注重样品采集及处理，第三要注重化学分析技术及数据处理，第四要注重数据分析及解释。运用代谢组学技术不仅可研究食品本身的代谢，还可以研究食品及其他外界刺激条件引起的内源性代谢物的变化，能够更直接的反映机体内生化过程，从而阐明某种营养素或功能因子的靶点或作用机制。该方法还可评价膳食模式对机体健康与疾病的影响。同时也指出了代谢组学在食品营养素及人体营养状态评价中的应用仍然存在许多挑战，如已鉴定或已知生物活性的代谢物种类却不多，小分子代谢物的数据库还不够完善，所覆盖的小分子代谢物种类并不完整，因此，建立和完善机体小分子代谢物的数据库至关重要。