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通过长的高保真聚合酶链式反应(LA-PCR)和引物步移的测序方式获得了藏酋猴的线粒体基因组全序列。其全序列长16540bp,包含13个蛋白质编码基因,22个转运RNA(tRNA)基因,2个核糖体RNA(rRNA)基因和一个控制区。发现2个稀有的启动密码子,其中一个GTG启动ND1基因和ATP8基因,另一个ATT启动ND2基因。COI基因的终止密码子未被发现。猕猴亚科测序的7个种的COI基因也没有发现终止密码子。一个核线粒体假基因被最初设计的引物对X23扩增出来,全长2003bp.假基因与线粒体同源物序列分歧时间的推断表明,该假基因的线粒体片断大约在3.16~3.48百万年以前迁入核基因组。利用重链上串联的12蛋白编码基因的资料,使用贝叶斯和最大简约法分析了猴科16个物种的分子系统发生关系,结果提供了更多的证据来支持先前对于猴科形态和染色体的研究结果。