目的：首次检测了兰州肉苁蓉的rDN内转录间隔区序列，并利用其序列作为遗传标记分析了5个不同种的肉苁蓉遗传变异情况。方法：采用Plant DNA Mini Kit法作为基因组DNA提取的最佳方法，提取兰州肉苁蓉的核基因组DNA，并且建立了适合兰州肉苁蓉的PCR反应体系，利用合成的特异性PCR引物对所提取的DNA中rDNA内转录间隔区序列进行套式扩增，扩增产物经琼脂糖凝胶电泳得到电泳图谱，并进行分析，测序,经Clusta 1x软件排序，MEGA3软件统计分析和分支分析，建立系统发育树，并计算各类群间的遗传距离。结果：琼脂糖电泳图谱及所测序列显示，来自于植物兰州肉苁蓉rDNA内转录间隔区全长为580bp左右，且种间遗传距离较大。结论：兰州肉苁蓉与沙苁蓉遗传距离较近，且遗传距离与地理距离存在相关性。