黑木耳是一种在中国广泛栽培、兼具食用、药用和保健的功效的健康食品,深受人们的喜爱。其栽培基质主要为农业和林业的废弃物,因此还具有较高的生态和社会经济价值。据统计,在2015年中国黑木耳产量达到624.69万吨,占世界总产量的98%以上,为了进一步了解与开发利用这一重要物种,我们黑木耳遗传育种团队对黑木耳进行全基因组测序,共组装535个scaffolds,基因组大小为43.6M,G+C含量为57%,通过生物信息学预测,获得15997个预测基因,其中7683个基因有明确的功能注释信息,并对黑木耳降解木质纤维素的碳水化合物活性酶(carbohydrate-active enzymes,CAZymes)与其他几种担子菌进行比较,对黑色素合成关键酶基因和黑色素合成途径进行预测;此外,根据全基因组测序结果开发SSR分子标记用于黑木耳种质资源评价、连锁图谱构建和主要农艺性状QTL定位的研究,取得很好的效果。这是在国际上首次对黑木耳基因组进行测序,为进一步深入了解黑木耳基因信息,提高黑木耳生物学效率,增加产量提供参考,也将为食用菌抗逆性研究和功能基因的挖掘或功能性新品种的选育提供新的思路和方法。