染色体和基因组改变是实体肿瘤的突出特征,是肿瘤遗传学领域研究的重要内容。实体瘤细胞几乎总存在遗传学水平的异常,涉及染色体和基因组DNA的扩增、缺失、杂合性丢失等拷贝数变化、以及重排和突变。联合应用染色体CGH、array-CGH、real-time PCR、微卫星PCR以及多靶多色FISH技术,可以发现和鉴定肿瘤扩增、缺失和杂合性丢失的基因。结合array-CGH检测、转录组测序、多靶多色FISH以及PCR分析,可以发现和鉴定肿瘤基因的断裂、截短及重排。通过外显子组测序和深度测序分析,可以发现和鉴定肿瘤中的基因突变。肿瘤遗传学水平变化的发现将为揭示细胞癌变和肿瘤发生发展的分子机理提供重要的线索,而进一步验证这些变化所导致的RNA水平、尤其是蛋白质水平的异常更为重要。我们将对肿瘤遗传学研究的方法学进行探讨,包括各种分子细胞遗传学、分子遗传学检测的局限性及其可能的解决方案。例如,怎样研究拷贝数变化,如何分析杂合性丢失,所测遗传学变化何为因果,等等。