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本文首先介绍药物分子设计新理论——化学基元学1,2.在此基础上,总结我们在超级计算与大数据挖掘技术支持下发展的新CADD理论和技术,包括:超算支持下的基于分子动力学的虚拟筛选方法(MDVS)3,基于GPU的分子三维叠合并行算法gWEGA4,面向系统性疾病治疗药物设计的药理网络、分子活性构象预测的各种技术、贝叶斯算法在生物化学大数据挖掘中的应用、三维药效团-受体映射图——3DQSAR模型与解析的新方法5-8.