建立新型农村合作医疗制度是中共中央、国务院从全面建设小康社会、落实科学发展观、统筹城乡经济社会协调发展的高度做出的一项重大决策。乡镇卫生院是农村三级医疗、预防、保健网络的枢纽，在农村卫生事业的发展和新型农村合作医疗中具有举足轻重的作用。但是，乡镇卫生院的现状不容乐观，普遍存在着财政投入不足、服务能力低下、基础设施薄弱、就医环境差、医疗专业技术人员少、农民经济困难等问题，不能满足新型农村合作医疗制度和农村居民日益增长的医疗卫生服务的需求。要保障新型农村合作医疗的健康发展，政府要强化职能，实行政策倾斜，加强乡镇卫生院建设，改变乡镇卫生院服务功能，制定《乡镇卫生院基本标准》，加强乡镇卫生院人才培养，落实卫生支农和对口支援，建立双向转诊制度。加强自身建设，使乡镇卫生院能够适应农村卫生事业发展和新型农村合作医疗的需要。