为了建立当前成都大熊猫基地圈养小熊猫种群谱系以及辅助有效管理圈养小熊猫,本研究利用微卫星分子标记对圈养小熊猫种群进行遗传多样性和亲子鉴定研究。研究结果表明，对32个小熊猫个体的10个微卫星位点检测，总共获得70个等位基因，每个位点的等位基因数目从4～13个。平均观察杂合度、平均期望杂合度和平均多态信息含量分别是0.7844、0.7359和0.6903。以上结果表明，这个圈养种群遗传多样性很高。本研究中属于子代不仅父亲不确定，母亲也不确定而进行鉴定的情况，在95％的置信区问之下:鉴别概率为0.99227，成功有效的进行了亲子鉴定。根据鉴定结果，绘制了成都大熊猫繁育基地的小熊猫谱系图，计算了存在近交的个体的近交系数，结果表明，近交系数大于或等于0.5的个体占13/32(41％)，此圈养种群存在严重的近交。建议在以后的饲养管理过程中，按照谱系关系，制定有限的管理策略从而防止近亲交配的进一步发生，防止遗传多样性的流失。并且，本研究圈养的种群的亲子鉴定情况类似野外种群，建议借鉴此方法用于野外种群的亲子鉴定研究。