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川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)属于疣猴亚科、仰鼻猴属,是我国特有的珍稀物种之一。Long non-coding RNA(lncRNA)是一类长度超过200个核苷酸的特殊非编码RNA,在多种生理过程中发挥重要作用,具有较高的组织特异性。迄今为止,lncRNA对于川金丝猴的生物学特征和适应性进化特征的影响和调控尚未见报道。本研究对一只意外死亡的六岁雄性川金丝猴的心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏、胰腺和肌肉组织进行了lncRNA转录组测序,去除低质量序列后,平均每个组织得到101,336,131条150bp的reads,约15GB。使用Hisat2-Stringtie流程分别获得每个组织的转录本,合并后得到157,519条转录本,然后根据lncRNA的特性筛选鉴定出12,577条lncRNA转录本,包括了9,403个基因位点。比较分析表明,川金丝猴的lncRNA基因比蛋白编码基因的外显子数量更少(2.53<10.57)、组织特异性更高(Tissue-specific score:0.74>0.67)、表达量更低,符合lncRNA的特性。利用edgeR进行两两组织间的差异分析,再通过求交集得到各组织相对于其他组织显著上调的蛋白编码基因和lncRNA基因集,在心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏、胰腺和肌肉组织中分别为462/597、675/366、919/849、566/201、527/207、829/223、811/366(lncRNA基因数/蛋白编码基因数)。对各个组织的特异lncRNA靶基因和蛋白编码基因进行功能富集分析。在心脏中上调的蛋白编码基因显著富集到20个KEGG通路(Cardiac muscle contraction(rro04260)、Vascular smooth muscle contraction(rro04270)等)及128个GO条目,(Heart contraction(GO:0060047)、Circulatory system process(GO:0003013)、Myofibril(GO:0030016)等);对于上调lncRNA靶基因,trans靶基因显著富集到25个KEGG通路、114条GO条目,其中20个KEGG通路、95条GO条目与蛋白编码基因的显著富集条目相同。这说明lncRNA可能通过对其靶基因表达的调控实现对组织功能的影响。本研究从不同组织中鉴定了大量川金丝猴的lncRNA,并通过其靶基因对各个组织的特异lncRNA进行了功能预测分析,探索各组织中lncRNA和mRNA的调控关系,这为理解川金丝猴特有的生物学特征提供了新的视角,也为进一步阐明其中的分子机制奠定了基础。