South Rice black-streaked awarfvirus(SRBSDV),是由白背飞虱以持久性不经卵方式传播的水稻恶性病毒病,对水稻粮食生产造成了极大的损失。利用人工接种鉴定对南方水稻黑条矮缩病品种抗病性筛选开展了大量工作,筛选出抗性差异明显的两个水稻品种抗病材料GXY3和感病品种特优63。其中GXY3经苗期白背飞虱抗性测定,表现感虫(抗性级别8.6)具有专一针对病毒抗性。利用RNA-seq高通量测序技术对病毒接种后的水稻材料进行转录组测序,共获得26.54Gb净值,各样品净值数据均达6.30Gb,Q30碱基百分比在85.05%及以上。与水稻模式品种Nipponbare基因组作为参考进行序列比对,比对效率80.21%到81.97%不等。基于比对结果,进一步对品种之间进行SNP检测,发现两个品种与Nipponbare相比均存在大量SNP位点,且抗病品种GXY3比感病品种特优63的位点数目更多,利用这些SNP位点可用于后续遗传标记的开发,并结合转录表达谱分析差异表达的基因是否存在突变从而影响到基因功能。归一化FPKM分析结果显示4个样品的整体基因表达离散度和表达水平基本平衡,差异表达分析显示两个品种在接种SRBSDV前后比较,以及接种后的样本间比较均有大量基因上调或下调,其中抗感品种接种后的样本比较结果(T02 VST04)统计有2 061个上调的和2 402个下调的差异表达基因。其功能主要参与细胞转化、生物代谢发育以及应激反应等途径,其中大量与逆境胁迫相关的调控因子如泛素蛋白连接酶活性,氧化还原酶活性相关基因富集,包括14个病程相关基因在抗感品种间呈显著差异。