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(目的)本文以反硝化细菌硝酸盐还原酶的narG基因和亚硝酸盐还原酶的nirS基因作为分子标示物,研究反硝化细菌的群落结构、丰度与环境因子之间的相关性.(方法)实验对流溪河流域从上游至下游十个不同位点进行沉积物采样,进行环境因子(温度、pH、氨态氮、硝态氮、亚硝态氮、总氮、COD)理化数据测定,对narG基因和nirS基因构建基因文库,分析流溪河流域沉积物中反硝化细菌的群落结构和多样性,再结合实时荧光定量PCR法(RT-PCR)对反硝化细菌的丰度进行研究,并通过主坐标分析和冗余度分析等多变量统计分析方法研究了反硝化细菌的群落结构、丰度与环境因子之间的相关性.(结果)结果表明：十个位点环境因子数据显示,硝态氮(NO3-N)含量变化不大,浓度均接近3.0 mg/L、亚硝态氮(NO2-N)浓度均很低,约为0.08 mg/L；narG基因和nirS基因文库分析显示流溪河流域不同采样位点的沉积物中反硝化菌群落结构表现出差异性,用MOTHUR软件对其做多样性指数分析,在所有采样点中7-CH、6-LK、9-RH采样点的物种多样性指数相对于其他采样点较高,上游两个采样点(1-SK和2-WQ)的多样性指数低；荧光定量分析结果,反硝化细菌nirS基因拷贝数范围为7.89× 103～1.34× 104 copies/g,narG基因拷贝数为5.97× 102～4.64× 104 copies/g,nirS基因丰度变化范围为0.01％～2.1％,narG基因丰度变化范围为0.01％～1.5％,构建系统发育树发现,沉积物样品中大多数nirS基因克隆与目前已知可培养的反硝化细菌的亲缘关系较远,大部分为未被认知的微生物类群,其中已知的nirS型反硝化菌属于变形菌Alphaproteobacteria、Betaproteobacteria、Gammaproteobacteria,其中大部分属于Betaproteobacteria；最后用冗余分析(RDA)和典范对应分析(CCA)对三者相关性进行分析.(结论)结果显示,环境因子中亚硝态氮(NO2-N)生化因子对反硝化细菌群落结构起着决定性的作用,与环境因子的相关性大小依次表现为：NO2-N＞TN＞NH4-N＞COD ＞NO3-N＞pH＞Temp；反硝化细菌丰度与环境因子的Person相关系数分析表明,河流沉积物中总细菌16SrDNA基因丰度与环境因子之间无显著的相关性,而nirS基因型反硝化细菌数量与NH4-N和TN因子浓度之间差异极显著(P＜0.01),与NO3-N因子差异显著(P＜0.05),narG基因型反硝化菌数量与NO2-N因子浓度差异显著(P＜0.05),但与其它环境因子差异不显著(P＞0.05).