【摘 要】
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目前芸薹属作物中已经检测出大量的QTL位点,但是主要性状的QTL的精细定位进展缓慢,而功能型标记的开发或许能够突破这个瓶颈.我们利用芸薹属物种公共数据库中转录子组装序列(Plant Genome Database-assembled unique transcripts,PUTs)设计了7836对SSR引物,并通过Blast2GO软件对这些包含SSR的PUT序列进行了功能注释.研究发现这些含有SS
【机 构】
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西南大学农学与生物科技学院,重庆油菜工程研究中心,重庆,400716
【出 处】
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中国作物学会油料作物专业委员会第七次会员代表大会暨学术年会
论文部分内容阅读
目前芸薹属作物中已经检测出大量的QTL位点,但是主要性状的QTL的精细定位进展缓慢,而功能型标记的开发或许能够突破这个瓶颈.我们利用芸薹属物种公共数据库中转录子组装序列(Plant Genome Database-assembled unique transcripts,PUTs)设计了7836对SSR引物,并通过Blast2GO软件对这些包含SSR的PUT序列进行了功能注释.研究发现这些含有SSR的PUT序列主要在核苷酸结合、蛋白质结合和酶活力功能中起重要作用,作用地点主要位于膜和细胞质中.本研究共选择了210对引物用于多态性、稳定性和PCR质量检测.分析发现70％(147)的引物能够成功地扩增出带型,其平均多态性信息含量(PIC)为0.49.这些引物中最多的SSR重复模体是二核苷酸,其次是三核苷酸和单核苷.此外,60％的引物在芸薹属作物间表现出较好的移植性.这些结果表明,从芸薹属物种PUT中大规模开发功能型SSR是可行的；另外,这些标记为芸薹属作物候选基因的快速定位、遗传图谱构建、遗传多样性分析以及比较基因组作图等提供了一种新的选择.
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