目前所有对污染水的隐孢子虫来源及其对人致病性的基因分型研究只在发达国家开展过。本研究中，我们从上海收集了50个原水水样，并采用美国环境保护总署的1623标准方法进行研究。为了找到一种经济有效的方法取代1623方法中的过滤步骤，我们同时采用了碳酸钙絮凝的方法(CCF)对水样进行浓缩。采用1623方法，发现50个原水样品的32％的样品为隐孢子虫阳性，18％的样品为贾第虫阳性；而采用CCF进行浓缩，发现22％的样品为隐孢子虫阳性，10％的样品为贾第虫阳性。将CCF浓缩和PCR检测结合，发现隐孢子虫的检出率(28％)和采用1623方法结果相近。对所有水样进行基因分型发现17个样品为隐孢子虫阳性，其中安氏隐孢子虫阳性样品为14个，猪隐孢子虫7个，贝氏隐孢子虫2个，火鸡隐孢子虫1个和人隐孢子虫1个。因此，家畜，尤其是牛和猪是上海原水中的主要污染源，并且在该区域原水中的大部分卵囊都不能感染人。用CCF方法进行浓缩并结合PCR进行基因分型可用于对水中隐孢子虫污染检测，并且该方法具有比常规过滤-显微镜镜检方法成本低的优势。