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本试验根据青藏高原牦牛主要分布区域,集中采集青藏高原4个省份5个不同生态地理区的传统发酵牦牛酸奶样品,跨度海拔高度为2612m～4977m。利用传统培养法、16s RNA和种属特异性引物PCR,并结合高通量测序分析手段,旨在阐明不同生态环境下乳酸菌种属分布状况及多样性,保存青藏高原极端环境下本土乳酸菌遗传资源,为后续功能乳酸菌的开发奠定基础。结果显示青藏高原传统发酵牦牛酸奶中乳酸菌主要有乳酸杆菌属(Lactobacillus),片球菌属(Pediococcus),肠球菌属(Enterococcus),明串珠菌属(Leuconostoc),乳球菌属(Lactococcus),链球菌属(Streptococcus)等。其中高通量测序表明乳酸杆菌属和链球菌属的基因序列相对丰度占酸奶中所有微生物的98.5%～99.7%,而且酸奶中这两种乳酸菌属占据的比例在不同植被生态区具有显著差异。气候环境相对温和、湿润的藏南灌丛谷地草原区和藏东针叶林区链球菌属比例较大,其中藏东地区乳酸菌多样性最为丰富。而气候相对寒冷、海拔高的祁连高山草原区和羌塘高寒草原区乳杆菌属比例较大,羌塘高寒地区酸奶中微生物种类最少。分离培养到的1527株乳酸菌中植物乳杆菌(L. plantarum)和片球菌(Pediococcus)占据的比例最大达到34%,其次为罗伊氏乳杆菌(Lactobacillus reuteri)。细菌多样性与环境因子的相关性分析结果表明,纬度和pH与微生物多样性显著相关,而海拔和经度与酸奶中微生物的多样性没有相关性。