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利用垂直板状聚丙烯酰胺梯度凝胶电泳分离技术，对马氏珠母贝和企鹅珍珠贝的鳃、后闭壳肌、消化盲囊、外套膜4种组织的6种同工酶进行检测，以比较两种珍珠贝及马氏珠母贝不同养殖群体酶谱差异，分析表明，不同种间的个体其酶谱表型有稳定的差异，筛选出的鳃组织SOD、EST及闭壳肌组织的MDH、ME、G6PDH等同工酶，具有种特异性，这些酶带清晰稳定，可作为一种区别种的分子标记。马氏珠母贝杂交与近交群体中，不同个体的酶谱表型比较相似，但近交后代群体酶谱的相似程度更高，两群体的SOD同工酶在4种组织中均存在稳定差异，这种与亲缘关系相关联的酶谱表型，作为蛋白分子标记，可望应用于珠母贝品种改良及品系鉴定上。