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新疆棉区位于欧亚大陆腹地，有着不同于中国内陆和沿海棉区的独特的农业生态和有害生物发生消长规律。在５０年代至８０年代中期，棉田以黄地老虎、烟蓟马、盲蝽象、棉花角斑病和棉苗立枯病为主。８０年代后期随着种植业结构的调整，耕作制度和栽培技术的改变，棉蚜、棉铃虫、棉花枯萎病成为影响和制约新疆棉花生产的主要病虫害。新疆棉田有害生物的防治策略应从农业生态学的观点出发，充分保护、利用自然天敌，开展以生物防治为主的综合防治措施；加强植物检疫，严防病区的种籽等传入无病区，选育推广高产、优质的抗病品种。