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植物病原真菌链格孢(Alternaria alternata)种包括7种不同的致病型。其中由链格孢橘致病型引起的褐斑病是柑橘生产上极具破坏性的真菌性病害,严重影响柑橘果实的产量、品质和市场销售。该病原菌能够产生专门针对柑橘类植物的特异的寄主选择性毒素-ACT毒素,毒素合成受阻会导致链格孢菌株致病性的丧失。目前对链格孢致病机理的研究仅限于毒素合成,然而对其侵染机制、致病性的进化及寄主诱导物种分化等方面的了解却很少。为解决以上问题并适应该病原菌分子生物学研究的需要,我们对链格孢橘致病型菌株Z7进行了全基因组测序。Z7基因组大小基因组大小为34.6M,N50约为2.5M,基因组完整性约为97.5%。通过基因预测获得12073条蛋白序列,通过比对nr数据库后发现,有10860个蛋白(占基因数的90.0%)其相似性大于35%,其中7902个蛋白(87%)的最佳匹配序列属于Pyrenophora真菌。为寻找链格孢致病相关基因,我们将其基因组与病原-寄主互作数据库(Pathogen-host interaction,PHI)比对,共找到346个PHI相关的基因,占基因组的2.87%,其中19个基因的比对来源为链格孢属,而在PHI数据库中,总共有41个链格孢属的致病相关基因。对346个基因进行gene ontolog的分类,最终有288个基因有对应的GO代号。催化(~70.1%)和结合(57.6%)是二级go中细胞功能中最大的两类,进一步对细胞功能分类,发现水解酶,裂解酶,氧化还原酶和转移酶等催化酶类在致病基因中占了绝大多数,binding中的大部分则是核苷酸、蛋白和离子结合。我们在链格孢基因组中找到20个次生代谢cluster,包括26个backbone基因,其中13个聚酮合酶(PKS),7个非核糖体肽酶(NRPSs),6个NRPSs类似肽酶。未找到异戊烯转移酶(DMATSs)和NRPS/PKS杂合物。已经鉴定的链格孢7个不同致病型的菌株中,含有6种真菌毒素。我们将这些真菌毒素基因与链格孢Z7的蛋白组进行blast比较,共找到37个毒素相关的合成基因。比较奇怪的是,这些毒素基因在链格孢基因组上的分布很分散,没有明显的cluster。分析原因可能与基因组拼接不完整有关,目前补测序正在进行中,以期获得更完整的基因组序列以及在链格孢菌中普遍存在的与致病性密切相关的非必需染色体的全长序列。