臭鳜鱼是汉族传统名菜之一,然而其发酵工艺往往存在周期长,安全性差等问题,故难以实现工业化。本研究首先对不同木瓜蛋白酶添加量(0,10,50,100,200,400 U/g)下臭鳜鱼的游离氨基酸含量、脂肪氧化程度、挥发性化合物成分含量及生物胺含量进行了分析,然后利用高通量测序技术对其细菌群落结构进行分析,最后结合主成分分析和偏最小二乘法回归分析寻找形成关键特征风味的主要微生物,并利用PICRUSt对关键微生物进行KEGG功能预测。结果表明,臭鳜鱼中关键风味物质为醇类和醛类,乳酸菌是形成关键风味物质的主要微生物。当加酶量为200和400 U/g时,发酵7天的加酶组中总游离氨基酸含量和脂肪氧化程度以及关键挥发性成分的含量显著高于发酵10天的自然发酵组,发酵周期有效缩短30%。在此加酶量下乳酸菌的氨基酸代谢和脂肪代谢量皆高于自然发酵组,这可能是风味物质在添加适量酶后得到显著提升的原因。加酶量为200 U/g时生物胺含量最低,故最适加酶量为200U/g。该研究为促进臭鳜鱼工业化生产提供有效方法。