祁连山位于青藏、蒙新、黄土三大高原的交汇地带,跨越甘青两省,长达千余公里,是我国著名的高大山系之一.祁连山是黑河、石羊河、疏勒河三大内陆河流的发源地,这一地区的主要自然生态系统类型是草地和森林,尤其是以青海云杉林为主体的水源涵养林,在维持整个河西区域生态系统的平衡和祁连山各条河流出水总量稳定方面起着决定性的作用[1],是整个河西地区陆地生态系统的主体.为了保护好祁连山的自然生态系统,1987年10月,经甘肃省人民政府批准,建立了省级祁连山自然保护区,次年5月,经国务院批准成立国家级自然保护区.保护区成立以后,祁连山地区开始进入保护和发展并重的时期,以水源涵养林为核心的自然生态系统有所恢复,但依然存在不少问题.本文研究祁连山自然保护区概况，祁连山自然保护区存在的主要生态问题， 祁连山自然保护区生态保护和恢复对策。