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为了探索大猿叶虫的遗传多样性水平及种群快速鉴定的方法，利用7种限制性内切酶对其4个地理种群的线粒COI基因进行PCR-RFLP)分析。结果表明：利用AseⅠ，MboⅠ，NlaⅢ和RsaⅠ在大猿叶虫4个地理种群中均没检测到多态性;利用AluⅠ和DraⅠ只检测到种群间的多态性;利用HaeⅢ既检测到了种群间的多态性，又在山东种群中检测到种群内多态性。根据酶切图谱，共发现4种单倍型，单倍型的特异性可以作为种群鉴别的标志。根据限制性片段共享度，利用POPGEN3.2计算4个种群的遗传距离，并利用MEGA3.1进行聚类分析，结果表明大猿叶虫4个地理种群间的遗传距离大小与其相对地理距离的远近不相符，其遗传变异程度与其滞育的特征也不相符。结果提示线粒体COI基因的PCR-RFLP分析可以用于大猿叶虫不同地理种群的识别，但不适合对其进行遗传多样性分析。