糠尿病足溃疡中差异表达基因的生物信息学分析及初步实验验证

来源 :山西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lllwan1
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:利用生物信息学分析方法寻找DFU中的关键差异表达基因、分析其功能及作用发挥方式,并进行初步实验验证。方法:1.从GEO数据库中获取关于DFU的两个数据集,利用GEO2R获取差异表达基因(Padj<0.05),使用R语言绘制韦恩图(FC.cutoff<-1.2,GSE80178数据集设定Padj<0.05,GSE68183数据集设定P<0.05),得到共表达差异基因。2.将共表达差异基因通过Web Gestalt数据库进行GO功能富集分析(P<0.05)。3.将共表达差异基因导入STRING构建蛋白质互作网络(设定交互分数≥0.9),通过STRING导出数据,使用Cytoscape软件分析,利用cyto Hubba插件寻找Top10的Hub基因。4.将BNIP3基因及其相关Hub基因使用R语言的cluster Profiler包、org.Hs.eg.db包从BP、MF和CC三个层面进行GO功能分析及可视化(Padj<0.05)。5.将BNIP3基因及其相关Hub基因通过Web Gestalt进行通路KEGG富集分析(P<0.05);使用KEGG数据库,寻找BNIP3相关信号通路。使用mi RDB搜索调控BNIP3基因的相关mi RNA(Target Score≥90);使用Target Scan搜索BNIP3相关mi RNA。6.使用WB检测经不同浓度的HG干预24h及72h的HUVEC细胞中BNIP3蛋白相对表达量(P<0.05有统计学意义)。结果:1.从GEO中获取GSE68183、GSE80178两个数据集,分析得到6个共表达差异基因。经过GO功能分析、PPI网络分析,得到NHLRC3、BNIP3两个关键基因。选择BNIP3基因进一步分析。2.将6个co-DEGs进行GO功能富集分析,BNIP3相关的BP有线粒体蛋白质分解代谢过程、负调控线粒体融合及线粒体膜通透性、颗粒酶介导的凋亡信号通路、缺氧反应的内在凋亡信号通路等;BNIP3相关的CC主要在线粒体膜。将BNIP3及其互作基因进行GO功能分析,CC层面主要在自噬体膜、自噬体、空泡膜显著富集;MF层面主要在结合泛素蛋白连接酶及结合泛素样蛋白连接酶显著富集;BP层面主要在细胞对外界刺激的反应、自噬、自噬机制的利用过程呈显著富集。3.KEGG富集分析,BNIP3主要与自噬、线粒体自噬、Fox O信号通路呈明显相关;mi RNA-182可能参与靶向调控BNIP3。4.观察到HUVEC细胞中BNIP3蛋白表达水平随干预糖浓度的增加及干预时间的延长呈有统计学意义的递增。结论:1.BNIP3基因在DFU中呈高表达;BNIP3在HG处理的HUVEC细胞中的蛋白表达水平随糖浓度及干预时间的增加而增高。2.BNIP3主要参与自噬、线粒体自噬发挥功能。3.BNIP3受Fox O信号通路调节,mi RNA-182可能参与靶向调控BNIP3。
其他文献
目的:研究缺氧环境下人肾小球足细胞(HGPCs)和中介素(IMD)对人肾小球内皮细胞(HGECs)的作用及其对HIF-1α/VEGFA/VEGFR2通路的影响。以阐明缺氧环境下HGPCs及IMD对HGECs的作用机制。方法:HGPCs与HGECs培养分组为A组(HGECs正常培养)、B组(HGECs缺氧培养)、C组(HGECs与HGPCs缺氧共培养)、D组(HGECs加IMD缺氧培养)、E组(HG
学位
目的:21世纪以来互联网技术的蓬勃发展使得大量数据逐渐呈指数级爆发增长,数据获取与处理技术也随之愈发成熟,诸如交通网络、电力网络、社交网络等常见真实世界的复杂系统逐渐被科学家们转化为复杂网络的形式进行深入研究。尤其是在近十年,复杂网络技术已逐渐被推广应用到多个学科领域,成为了各学科领域的前沿话题,网络的形成与演化、网络拓扑与功能之间的联系以及网络拓扑结构特征等也成为研究复杂网络理论时需要深入探讨的
学位
研究目的肾透明细胞癌(Clear cell renal cell carcinoma,cc RCC)是一种泌尿系统恶性肿瘤,当前传统的患者预后模型存在一定的局限性,如TNM分期法、单组学预后模型等。本研究整合cc RCC患者全转录组学、表观遗传组学和功能性基因集数据等多组学数据,通过临床生物信息学的分析方法,筛选与cc RCC患者生存预后显著相关的多维度组学生物标志物,构建多组学cc RCC患者风
学位
研究目的结肠腺癌(Colon Adenocarcinoma,COAD)是结直肠癌(Colorectal Cancer,CRC)中最常见的病理类型,早期诊断、及时干预以提高COAD患者的生存率是临床面临的一个挑战。代谢改变是癌症的特征之一。本研究通过生物信息学方法,基于公共数据库中COAD患者转录组学数据和代谢相关基因,构建代谢相关ce RNA调控网络和预后模型,以期找到对COAD发生、发展和预后有
学位
<正>针对中小学阶段学生课业繁重、校外培训负担重的现实问题,中共中央办公厅、国务院办公厅印发了《关于进一步减轻义务教育阶段学生作业负担和校外培训负担的意见》。在全新的教育理念下,教育管理者要以课程管理为抓手,在全面贯彻和落实党的教育方针的基础上,开足国家和地方课程,同时要结合本校情况开发校本课程,不断满足学生的个性需求,建立起基础与特长互补、立德与树人并重的课程体系,推动全面育人目标的真正落实。
期刊
目的:1.评估2型糖尿病患者血清Asprosin的水平并探究其与颈动脉内中膜厚度的相关性。2.探讨血清Asprosin诊断颈动脉硬化的价值。方法:1.根据纳排标准,选取104例于2020年12月到2021年12月之间在我院内分泌科住院的2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)患者,根据颈动脉超声测量的颈动脉内中膜厚度(CIMT)结果分为3组:无颈动脉硬化组(D组,n
学位
目的:研究IgA肾病大鼠肾小球内皮细胞损伤与修复对肾脏功能和结构的影响及其可能的机制。方法:将大鼠随机分为4组:对照组、IMD组、IgAN组、IgAN+IMD组,每组各9只。通过BSA等试剂构建IgAN大鼠模型,于12周末每组随机抽取3只,检测造模效果。造模成功后皮下持续给予IMD进行干预,留取尿液、血液和肾组织标本,用全自动特定蛋白分析仪检测尿蛋白的变化,全自动生化分析仪检测血肌酐、尿素氮的变化
学位
目的:学科服务在学科建设中起到重要的作用,随着学科服务的发展具有以用户需求为中心,需要构建一个为用户提供信息知识服务的嵌入式学科服务模式。本研究将初步建立的嵌入式学科服务模式在马克思主义理论学科实践,以实践经验完善所构建的嵌入式学科服务模式,最终形成实践性强的嵌入式学科服务模式。方法:(1)文献研究法阅读国内外嵌入式学科服务领域相关文献,深入全面的了解国内外对于嵌入式学科服务的研究,挖掘其中有利于
学位
目的:探讨纤维蛋白原Bβ15-42肽对大鼠肾脏缺血再灌注损伤细胞凋亡的影响。方法:将SD大鼠按随机数字表法分成假手术组(Sham组)、肾脏缺血再灌注模型组(I/R组)、FgBβ15-42肽治疗组(Fg+I/R组)。采用先夹闭双肾动脉60分钟再恢复双肾动脉血流的方法建立肾脏缺血再灌注模型,再灌注24小时后采集大鼠的血液和双侧肾脏标本。通过化验Scr和BUN反映肾功能;HE染色和半定量分析法观察、评估
学位
目的:构建IgA肾病(IgA nephropathy,IgAN)大鼠模型,探讨血管活性物质中介素(Intermedin,IMD)对IgAN大鼠微血管损伤及肾脏纤维化的影响,同时观察IgAN大鼠肾脏功能的变化情况。方法:选取6-8周龄雄性SD大鼠,分为正常对照组(Control组)、IgA肾病组(IgAN组)、正常对照+IMD组(Control+IMD组)、IgA肾病+IMD组(IgAN+IMD组)
学位